办公室。负责机关日常运转工作和内外联系、综合协调，承担文电、会务、机要、档案、信访、外事、联络接待、保密、督查、建议议案提案办理、政府信息公开、信息宣传、统计、安全保卫等工作。负责机关及所属单位财务、国有资产管理、政府采购等工作。负责组织本系统信息化发展的规划、建设、运行工作。承担机关及所属单位的信息化相关工作。 

法治调研科。负责开展全面依法治区理论与实践调查研究工作，提出政策建议。承办全面依法治区工作规划建议的协调工作。负责组织起草全面依法治区有关重要文件。负责研究提出建设法治政府、推进依法行政的意见和措施。负责本系统重大问题的调查研究，拟定本系统中长期规划、重大政策。负责统筹推进司法行政改革工作。承担重要文稿的起草工作。   
规范性文件审查科。负责承办以区政府或者区政府办名义制发的规范性文件、报请区政府会议审议和区政府审批的涉及法律问题的有关文件或者事项的合法性审核工作。承担各乡镇街道、区政府工作部门制定的规范性文件的备案审查工作。根据需要组织对规范性文件进行清理。承办以局名义制发的规范性文件的审查工作。
行政复议科。负责承办申请人向区政府提出的行政复议案件及行政赔偿案件的受理审查、案前调解、案件办理工作及所涉及的有关规定的审查申请等工作。

行政应诉科。承担区政府和区司法局行政诉讼案件的应诉代理工作，负责区司法局被复议案件及行政赔偿案件的办理工作，指导、指导全区行政应诉等工作。
行政执法协调监督科。负责本区行政执法的综合协调工作。指导、监督各乡镇街道、各部门行政执法工作，推进严格规范公正文明执法。协调各乡镇街道、各部门的行政执法争议。负责协调行政执法体制改革和行政执法普遍性重要性问题。负责区政府“放管服”改革措施的法制协调工作。负责行政裁决工作。负责局行政执法工作的指导、监督和协调。
社区矫正管理科（北京市通州区人民政府社区矫正工作办公室）。负责组织、指导对社区矫正对象的刑罚执行、管理教育和帮扶工作。负责协调解决社区矫正工作中的重大问题。
普法与依法治理科。负责拟定本区法治宣传教育规划并组织实施。负责指导、监督各乡镇街道、各部门“谁执法谁普法”的普法责任落实工作，推进全民普法。负责指导、监督国家工作人员学法用法工作。负责指导各乡镇街道各部门各行业依法治理和法治创建工作。指导社会主义法治文化建设工作。
人民参与和促进法治科。负责拟订本区保障人民群众参与、促进、监督法治建设的制度措施，并组织实施。负责面向社会征集政府规章制定项目建议有关工作。负责指导人民团体、群众自治组织和社会组织参与、支持法治社会建设工作。负责指导司法所和基层司法行政队伍建设。负责人民监督员选任、培训、考核、奖惩等工作。会同人民法院负责人民陪审员选任、培训、考核、奖惩等工作。负责指导人民调解、行政调解和行业性专业性调解工作。负责指导、监督刑满释放人员的安置帮教工作。负责协调解决安置帮教工作中的重大问题。
公共法律服务管理科。负责规划和推进本区公共法律服务体系和平台建设工作。负责指导、监督法律援助、司法鉴定、仲裁工作。负责编制本区司法鉴定和仲裁名册并公告。负责指导社会组织和志愿者开展法律服务工作。
公证律师工作科（行政审批科）。负责指导、监督本区公证、律师工作。负责编制公证名册并公告。负责指导、监督本区律师工作。负责指导、监督党政机关、企事业单位法律顾问工作。负责指导公职律师、公司律师和基层法律服务工作。承担本区司法行政审批制度改革工作，负责有关司法行政审批事项的咨询、受理、审批、发证工作。  
组织人事科。负责机关及所属单位的干部人事、机构编制等工作。负责本系统人才队伍建设相关工作。负责机关及所属单位离退休人员服务管理工作。承担局党组落实党要管党、从严治党责任和党风廉政建设主体责任的具体工作。负责机关及所属单位的纪检、党风廉政和内部审计监督工作。负责机关及所属单位的党群工作。