为建立健全通州区博物馆规范化管理体系，更好地服务群众，区博物馆在馆领导的带领下，对文物库房进行规范化管理整改。
通州区博物馆现有文物库房（保管处）3处。
1、重点文物库房为通州区博物馆地下文物库房，现存种类为：陶器、瓷器、铜器、纸质文物、书画收藏品、金银器、玉器等体积较小的，对温湿度要求较高的珍贵文物。同时，为更好地保存珍贵的瓷器、陶器文物，特依据文物尺寸定制文物专用收纳囊匣，对零散铜钱币定制专用收纳袋。现库房内安装了除湿器，空气净化器，通风设施，七氟丙烷灭火设施，警报设施。并且在文物柜内安放恒湿药剂和防虫药剂。
2、另外两处文物库房为通州区三义庙库房和三教庙东侧的文物保管处，两处库房所存文物大部分为大型石刻文物，其中三义庙库房主要文物是通州区出土的石刻墓志，另有部分城砖、砖雕和大型陶器。三义庙库房24小时安保，库房定时通风。三教庙保管处主要文物为大型石刻，包括门枕石，碑刻，碑座，界桩等。另有部分木质门窗。24小时安保，定期巡视检查。
为保障馆藏文物安全，通州区博物馆对三所文物库房定期检查排查，加大资金、人员投入力度。全面保障规范化管理工作健康有序的展开。
